W 1410 dobudowano kaplicę ku czci Najświętszej Marii Panny. W XV w. dobudowano 10 kaplic między szkarpami.
W roku 1525 franciszkanie opuścili SzczecinProf. Radosław Gaziński podaje, iż w 1525 wobec napiętej sytuacji w mieście wywołanej naukami radykalnego kaznodziei Johannesa Amandusa, miasto opuściła większość mnichów z klasztoru kartuzów, nie – franciszkanie, zaś gwardian klasztoru franciszkanów wraz z innymi lokalnymi osobistościami Kościoła katolickiego poprosił księcia Jerzego I o ochronę w postaci listu bezpieczeństwa (Paul vom Rode, szczeciński reformator [w:] Paweł Gut Społeczne i kulturowe dzieje ewangelików szczecińskich. 500-lecie reformacji w Szczecinie, Zamek Książąt Pomorskich, Szczecin 2024, ISBN 978-83-60816-90-5, str. 61–62)., a klasztor stał się przytułkiem dla biednych. Podczas reformacji, po roku 1534, parafianie i duchowni w większości przyjęli reformy Lutra. Kościół stał się od tej chwili, aż do 1945 świątynią ewangelicką. W II połowie XVI w. budynki klasztorne zmieniono na szpital św. Jana, zaś kościół dalej służył celom religijnym. W czasie najazdu szwedzkiego w 1678 roku kościół przeznaczono na kwaterę dla wojska. W roku 1702 był remontowany. W latach 1806–1813 w czasie okupacji francuskiej francuskie wojska zajęły świątynię na magazyn żywności. Ponownie remontowany był w latach 1834-1837.