podczas wojny domowej Wespazjana z Witeliuszem; odbudowę podjął później Domicjan.
Średniowiecze W średniowieczu Kapitol na tyle podupadł, że wypasano na nim owce. W 1143 przeniesiono tam jednak zarząd miejski nowopowstałej "Republiki Rzymskiej". Zbudowano pałac przeznaczony dla obrad senatu, oraz Pałac Konserwatorów (Palazzo dei Conservatori), w którym urządzono siedzibę sądu. Był pierwszą budowlą wzniesioną na Kapitolu, której fasada była skierowana na zachód, a nie w kierunku Forum Romanum.
W miejscu świątyni Junony już w VI wieku zbudowano kościół Santa Maria in Capitolio. W X wieku był w posiadaniu zakonu benedyktynów, którzy obok zbudowali opactwo. W 1250 r. kościół został przebudowany i otrzymał wezwanie Matki Bożej Ołtarza Niebiańskiego. Jest to bazylika podzielona kolumnami ze starożytnych budowli na trzy nawy. Złocony sufit pochodzi z XVI wieku. Znana jest miejscowa figurka Dzieciątka Jezus (Santo Bambino).
XV wiek W 1471 papież Sykstus IV podarował Kapitol miastu i umieścił w Pałacu Konserwatorów część zbiorów pochodzących z Pałacu Laterańskiego, dając początek Muzeum Kapitolińskiemu.
Od strony Placu Weneckiego, poprowadzono na wzgórze nowe wejście – 123 stopnie ułożone w strome schody biegnące prosto w kierunku kościoła, które zostało w 1348 r.