2003 rok przyniósł kolejną zmianę. Gibernau przesiadł się na Hondę w zespole Fausto Gressiniego. W inauguracyjnym Grand Prix Japonii na torze Suzuka miał miejsce tragiczny w skutkach wypadek jego kolegi z zespołu, utalentowanego Daijiro Kato, który z ciężkimi obrażeniami ciała zmarł w szpitalu. W zespole nastała żałoba, jednak ten tragiczny wypadek przebudził talent Sete, który przeżył eksplozję formy i już w następnym wyścigu na torze w Republice Południowej Afryki, w normalnych suchych warunkach zwyciężył, a ci którzy nie dowierzali w jego umiejętności widzieli go na najwyższym stopniu podium jeszcze trzy razy. Sezon 2003 zakończył na drugiej pozycji, 10 razy stając na podium, w tym cztery razy na najwyższym stopniu z dorobkiem 277 punktów. Każde swoje zwycięstwo dedykował tragicznie zmarłemu koledze z zespołu Daijiro Kato, którego numer nosił na kombinezonie.
Kolejny sezon potwierdził jego wysoką formę i po raz kolejny tylko Valentino Rossi był od niego lepszy w końcowej klasyfikacji generalnej. Jego kolegą z zespołu został wielokrotny mistrz świata z klasy Superbike Amerykanin Colin Edwards. W sezonie 2004 po raz pierwszy przyznawano trzy medale, dla trzech najlepszych kierowców w danej klasie.