Badania archeologiczne, wielokrotnie prowadzone w XX w. nie dały całkowicie jednoznacznej odpowiedzi na pytanie o początki kościoła. Pierwsi badacze (Z. Gawlik, J. Hawrot, A. Żaki) opowiadali się za powstaniem świątyni zasadniczo w XII w.Gawlik Z., Kościół św. Salwatora na Zwierzyńcu w Krakowie ("Biuletyn Historii Sztuki i Kultury", t. 10), Warszawa 1948; Gawlik Z., Romański kościół św. Salwatora w Krakowie ("Prace Komisji historii Sztuki", t. 9), Kraków 1948; Hawrot J., Pierwotny kościół pw. Salwatora na Zwierzyńcu w Krakowie, "Kwartalnik Architektury i Urbanistyki", 1956, z. 1; Hawrot J., Prace wykopaliskowe na Salwatorze w Krakowie w 1957 r., "Kwartalnik Architektury i Urbanistyki", 1958, z. 2; Żaki A., Badania archeologiczne koło kościoła Salwatora w Krakowie w 1955 r., "Kwartalnik Architektury i Urbanistyki", 1956, z. 1. Jednak prowadzący badania w latach 60. i 70. W. Grabski, W. Zin i F. Radwański, którzy dokonali tutaj znaczących odkryć, postawili tezę o trzech fazach budowli średniowiecznej: faza I – kościół na planie krzyża greckiego, datowany najpóźniej na drugą połowę X w.