Jezioro Mikołajskie jest łącznikiem przyjmującym wodę ze środkowej części (z jeziora Tałty i systemu Niegocin-Tałtowisko), i z południowej części zlewni (z jeziora Bełdany) oraz przekazującym ją przez cieśninę do jeziora Śniardwy.
Na podstawie badań jezioro zakwalifikowano do trzeciej klasy czystości, stan jego trofii jest zbliżony do stanu przeżyźnienia jeziora Ryńskiego i Tałty, pozaklasowe wartości wykazują fosforany, przewodność elektrolityczna właściwa i warunki tlenowe. Pod względem podatności na degradację jezioro odpowiada drugiej kategorii. Niekorzystny wpływ ma zlewnia bezpośrednia z punktowymi zrzutami ścieków. Pozytywny wpływ na stan czystości jeziora daje oczyszczalnia w Mikołajkach, procesy samooczyszczania są ograniczone ze względu na skumulowany w zbiorniku duży ładunek zanieczyszczeń. Dno jeziora jest urozmaicone, z licznymi głęboczkami, liczne zatoki świadczą o dobrze rozwiniętej linii brzegowej. Roślinność to 20% powierzchni jeziora, połowa to roślinność zanurzona (ramienice, rogatek, moczarka, rdestnice), w bezpośrednim otoczeniu jeziora dominuje las, oraz grunty orne i nieużytki.