Z Boca wygrał: Copa Libertadores (2007), Copa Sudamericana (2005) i trzy razy Recopa Sudamericana (2005, 2006, 2008). 8 kwietnia 2007 zdobył dwie bramki w meczu z Velez Sarsfield. W trakcie Torneo Inicial 2006/07 dwukrotnie strzelał bramki: San Lorenzo (27 sierpnia 2006), Gimnasią (10 września), Velezem (1 października) i Colon Santa Fe (26 listopada). 16 września 2007 zaliczył trzy asysty w starciu z Banfield. W grudniu 2007 brał udział w Klubowych Mistrzostwach Świata. Zakończyły się one porażką Boca w finale z Milanem 4:2, w którym Rodrigo zdobył jedną z bramek. Po turnieju został ogłoszony 3 najlepszym piłkarzem. 8 czerwca zdobył gola i zaliczył dwie asysty w spotkaniu z Lanus. 7 marca dwukrotnie pokonał golkipera Atlasu Guadalajara w potyczce fazy grupowej Copa Libertadores. 22 czerwca 2008 w meczu z CA Tigre zdobył 2 gole i asystował przy dwóch kolejnych. Dla Boca Juniors zagrał w 130 meczach ligowych i strzelił 55 bramek. Genoa 17 lipca 2009 roku Palacio podpisał 4-letni kontrakt z włoskim zespołem Genoa FC, który zapłacił za niego 4,9 mln euro. Miał w nim zastąpić sprzedanego Diego Milito. Debiut Palacia w nowych barwach przypadł na kwalifikacyjne spotkanie do Ligi Europy z Odense BK. W Serie A zaczął występować od meczu z AS Roma rozegranego 23 sierpnia.