7 maja 1960 w Warszawie, w domu akademickim Politechniki Warszawskiej przy placu Narutowicza, Służba Bezpieczeństwa aresztowała sześciu uczestników tajnego spotkania: Józefa Kosseckiego, Przemysława Górnego, Janusza Krzyżewskiego, Henryka Klatę, Mariana Barańskiego i Andrzeja Glazera. W miejscu zamieszkania zatrzymano Zbigniewa Kwietnia, Henryka Goryszewskiego, Ryszarda Pachuckiego, Antoniego Michalskiego, Janusza Witkuna i Ryszarda Ostrowskiego. W mieszkaniach zatrzymanych przeprowadzano rewizje. W późniejszym czasie do śledztwa dołączono starszych działaczy ruchu narodowego - Jana Piotra Bogdanowicza i Leona Mireckiego. Po ponad 9-miesięcznym śledztwie i po ponad roku od aresztowania, 29 maja 1961 zakończył się niejawny proces całej grupy. Kosseckiego i Górnego skazano na 2 lata więzienia, Krzyżewskiego i Klatę na 10 miesięcy, Barańskiego i Kwietnia na 6 miesięcy, a Bogdanowicza i Mireckiego uniewinniono. Wobec reszty zatrzymanych postępowanie umorzono. Po wyjściu z więzienia część działaczy próbowała wznowić działalność Ligi, jednak w 1964 ostatecznie uznano zakończenie działalności.
20 września 1991 miała miejsce rewizja nadzwyczajna Prokuratora Generalnego.