Złota era miasta przypadła na okres średniowiecza. U progu XII wieku Lund było już dobrze rozwiniętym miastem, ośrodkiem handlu i rzemiosła oraz siedzibą największej duńskiej mennicy. W 1104 decyzją papieża Paschalisa II umieszczono tu siedzibę arcybiskupstwa na całą Skandynawię. W 1145 konsekrowano katedrę, a w całym mieście znajdowało się w tym czasie 27 kościołów i klasztorów. Od XIII wieku Lund było najważniejszym miastem Danii – to stąd arcybiskupi sprawowali władzę kościelną nad całą Skandynawią. Od XIII do XV w. w lokalnej katedrze odbywały się koronacje królów Danii. Ostatnia miała miejsce w 1406, kiedy koronowano żonę Eryka Pomorskiego, Filipę Lancaster. Z końcem średniowiecza Lund straciło jednak swoją rolę centrum gospodarczego Skanii na rzecz Malmö, do którego ostatecznie w latach 40. XV wieku przeniesiono mennicę.
W 1536 r. Kościół rzymskokatolicki przestał pełnić dominującą rolę. Król Chrystian III zerwał ze zwierzchnictwem papieża w Rzymie i powołał do życia narodowy kościół luterański. Arcybiskupstwo zostało zniesione, ziemie należące dotąd do Kościoła przeszły na własność Korony, a większość kościołów i klasztorów w mieście została zburzona. O świetności średniowiecznego Lund przypominają do dziś katedra (Domkyrka), kościół klasztorny pw. św.