Szyfr ten został nazwany na cześć Juliusza Cezara, który używał go (z przesunięciem o 3) do komunikacji podczas kampanii wojskowych; jest on podobny do kodu Excess-3 w Algebrze Boole’a.
Szyfrowanie miało za zadanie zapewnić tajność w komunikacji na przykład pomiędzy szpiegami, dowódcami wojskowymi, dyplomatami; miało też zastosowanie wśród wyznawców religii – wcześni chrześcijanie wykorzystywali kryptografię do ukrycia niektórych aspektów ich pism religijnych w celu uniknięcia oskarżeń, które – gdyby nie zachowali ostrożności – z pewnością by się pojawiły. Sławna liczba 666 (lub w niektórych wczesnych pismach – 616), czyli liczba Bestii z Apokalipsy św. Jana, księgi chrześcijańskiego Nowego Testamentu, uważana jest czasem za zaszyfrowane odniesienie do rzymskiego cesarza Nerona, który prowadził politykę prześladowania chrześcijanEerdmans Commentary on the Bible, James D G Dunn, John W Rogerson, eds., Wm. B. Eerdmans Publishing, 2003, .. Istnieją również zapisy kilku innych, wcześniejszych szyfrów hebrajskich. Stosowanie kryptografii zalecała też Kamasutra kochankom chcącym się komunikować bez ryzyka wykryciaKama Sutra, Sir Richard F.