W 1841 r. wysłany został przez amerykańską firmę, w której pracował do Kingston w prowincji Ontario. Tam przypadkiem spotkał ówczesnego gubernatora Kanady, Charlesa Bagota, który zaproponował mu posadę rządowego inżyniera w służbie kanadyjskiej. Gzowski przyjął propozycję i przeniósł się do Kanady, gdzie początkowo pełnił funkcję inżyniera okręgowego w mieście London. Później koordynował konstrukcję 43-kilometrowego tzw. Drugiego Kanału Wellandzkiego, który umożliwiał żeglugę statków pomiędzy jeziorami Ontario i Erie z pominięciem wodospadu Niagara. Kanał ten stanowił duże wyzwanie inżynieryjne ponieważ różnica poziomów obu jezior wynosiła 99,4 m. Aby statki mogły go etapowo przepłynąć trzeba było zbudować 8 wielkich śluz. Inwestycja zrealizowana przez Gzowskiego zapewniła wszystkim pięciu Wielkim Jeziorom dostęp do Atlantyku. Od 1842 roku pełnił funkcję superintendenta departamentu robót publicznych w Górnej Kanadzie, zajmując się projektowaniem oraz budową sieci drogowej i kolejowej, mostów, portów, kanałów oraz szlaków wodnych.