. Będące na wykończeniu organy, wykonywane przez Mateusza Brandtnera, zostały zniszczone podczas pożaru w 1685 roku. Po pożarze Brandtner wykonał nowe organy, które przetrwały do rozbiórki kościoła w 1833 roku. Część wyposażenia po rozbiórce trafiła do kościołów w Toruniu i okolicy, m.in. dwa krucyfiksy – Mistyczny i Czarny oraz Pasja dominikańska, trzynaście lub czternaście ołtarzy oraz naczynia liturgiczne kościoła św. Jakuba w Toruniu, relief ołtarzowy w kościele w Gostkowie, cztery ołtarze, część wystroju z innych ołtarzy, dębowe stale chórowe i obraz procesyjny do kościoła Najświętszej Marii Panny w Toruniu, ławki, fotel używany podczas uroczystości kościelnych oraz drewniana pozłacana ambona do kościoła św. Janów w Toruniu, konfesjonał i pozłacana figura św. Mikołaja do kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego w Toruniu, części ołtarzy do kościoła w Złotorii, obrazy do kościołów w Chełmnie i Chełmży, elementy łuku tęczowego do kościoła św. Mikołaja w Kowalewie Pomorskim. Wyposażenie dawnego kościoła uległo później dalszemu rozproszeniu. Część wyposażenia trafiła do kościoła św. Wawrzyńca w Toruniu, zburzonego w 1824 roku. 17 gotyckich kwater witrażowych znajduje się w zbiorach Muzeum Okręgowego w Toruniu, monstrancja promienista z półfigurą św.