W Atenach spotkał swojego ojca Ajgeusa, który nie rozpoznał go, a za namową swojej żony – słynnej w mitologii greckiej czarownicy Medei (która domyśliła się prawdy o nim) wysłał go na walkę z ogromnym bykiem pustoszącym pola Maratonu (miał to być byk, który spłodził wcześniej Minotaura). Po pokonaniu byka i wypędzeniu Medei walczył z pretendentami do tronu ateńskiego.
W owym czasie Ateny składały coroczną ofiarę królowi Krety Minosowi, wysyłając siedmiu chłopców i siedem dziewcząt na pożarcie przez Minotaura, mieszkającego w Labiryncie potwornego syna Minosa. Tezeusz zgłosił się jako jeden z siedmiu i zabił Minotaura. Następnie wydostał się z Labiryntu przy pomocy Ariadny, córki Minosa, która dała mu kłębek nici (Dedal przed ucieczką powiedział jej, aby osoba, która wchodzi do labiryntu przywiązała jeden koniec kłębka nici do progu drzwi i go rzuciła, wtedy kłębek potoczy się do miejsca gdzie nocuje Minotaur). Jednak Tezeusz zostawił Ariadnę na wyspie Naksos. Wracając do Aten, zapomniał rozwinąć szkarłatne żagle (według innych wersji miały to być białe żagle), co było umówionym z Ajgeusem znakiem zwycięstwa. Ojciec, widząc czarne żagle, rzucił się ze skały w morze.