W lipcu 2005 roku Auxerre przegrało 1:4 w finale Superpucharu Francji z Olympique Lyon.
10 września 2005 roku w przegranym 3:1 meczu ze Stade Rennais Diaby zdobył swoją pierwszą bramkę dla Auxerre. W sezonie 2005/2006 wystąpił jeszcze w czterech ligowych spotkaniach. Jego zespół rozgrywki zakończył na 6. miejscu w tabeli. Auxerre nie przeszło jednak pierwszej rundy Pucharu UEFA, przegrywając w niej z Lewskim Sofia. Diaby wystąpił w obydwu spotkaniach.
Arsenal Sezon 2005/06 „Jestem niezwykle szczęśliwy, że będzie mi dane zagrać w takim zespole jakim jest Arsenal. Brak mi słów, żeby opisać moją radość.”–Diaby po transferze do Arsenalu.
12 stycznia 2006 Diaby przeszedł do Arsenalu za sumę 2 milionów funtów. Wcześniej podobno odrzucił ofertę rywali Arsenalu – Chelsea. Otrzymał koszulkę z numerem 2, którą poprzednio nosił Lee Dixon, który zakończył karierę w roku 2002.