Do pierwszego zarządu wybrano: Augusta Berfusa (przewodniczący), Franciszka Morawskiego (sekretarz), Stefana Thiela (skarbnik), Stanisława Przybyszewskiego (zastępca sekretarza), Franciszka Merkowskiego (doradca). W istocie była to odrębna organizacja od SPD, choć związana z nią wieloma więzami (m.in. kwestia finansowania „Gazety Robotniczej”)Władysław Zieliński, Geneza i powstanie PPS zaboru pruskiego, Katowice 1979, s. 183.. Partia zaraz po założeniu została skrytykowana przez Różę Luksemburg jako szowinistyczna.
Na III Zjeździe w Berlinie w czerwcu 1897 jednogłośnie przyjęto do programu rezolucję londyńskiego kongresu Międzynarodówki o prawie narodów do samostanowienia. W tym czasie partia kierowała coraz wyraźniej swoje działania na Górny Śląsk, skąd w wyborach w 1898 kandydował Franciszek Morawski, który uzyskał 9829 głosów (w tym samym okręgu kandydat niemiecki w 1893 uzyskał 646 głosów). Z powodu tego sukcesu, PPS zaboru pruskiego weszła w ostry spór z dr Winterem z SPD, który usiłował organizować działania partii niemieckiej na terenie polskim.