W 1994 powrócił do Borussii Mönchengladbach, nadal występującej w Bundeslidze. W 1995 zdobył z nią Puchar Niemiec. Tym razem spędził tam 4 lata. W 1998 po raz drugi w karierze został zawodnikiem Bayernu Monachium. Tam również występował przez 4 lata. W tym czasie zdobył z zespołem 3 mistrzostwa Niemiec (1999, 2000, 2001), 3 Puchary Ligi Niemieckiej (1998, 1999, 2000), Puchar Niemiec (2000), Ligę Mistrzów (2001) oraz Puchar Interkontynentalny (2001). W 2001 został także wybrany Piłkarzem Roku według UEFA.
W 2002 odszedł do VfL Wolfsburg (Bundesliga). Po roku przeniósł się do katarskiego Al-Arabi, gdzie w 2004 zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W latach 1988–1990 Effenberg rozegrał 5 spotkań i zdobył 1 bramkę w reprezentacji RFN U-21. W seniorskiej kadrze Niemiec zadebiutował 5 czerwca 1991 w przegranym 0:1 meczu eliminacji Mistrzostwa Europy 1992 z Walią. W 1992 znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Europy. Zagrał na nich w meczach ze Wspólnotą Niepodległych Państw (1:1), Szkocją (2:0), Holandią (1:3), Szwecją (3:2) oraz z Danią (0:2). W pojedynku ze Szkocją strzelił także gola, który był jego pierwszym w drużynie narodowej. Tamten turniej Niemcy zakończyli na 2. miejscu.