thumb|200px|Tablica pamiątkowa upamiętniająca Zygmunta Moczyńskiego, na budynku przy ulicy Konopnickiej 15 w Toruniu Po rozbiciu Batalionu przez gestapo 6 marca 1940 roku został aresztowany i osadzony w Forcie VIII. Początkowo był poszukiwany przez gestapo jako działacz gdańskiej Polonii i wielokrotny poseł do sejmu w Wolnym Mieście Gdańsk o tym samym imieniu i nazwisku. Więziony w celi numer 17. Prawdopodobnie dzielił ją z Józefem Falkowskim, bliskim współpracownikiem z Batalionu. Przesłuchiwany w siedzibie gestapo przy ul. Bydgoskiej, gdzie pytano go o kontakty z warszawską centralą podziemną. Według zachowanych relacji podczas tortur nie załamał się. Okoliczności śmierci nie są w pełni znane. Po przesłuchaniu i torturach został przekazany do dalszego śledztwa w Bydgoszczy, stamtąd prawdopodobnie 9 września przewieziony do Warszawy. Ostatnie tygodnie życia spędził na Pawiaku. Został rozstrzelany 17 września 1940 roku w Palmirach, wraz z kilkudziesięcioma innymi członkami Batalionu. Błędnie podaje się, że został zakatowany przez gestapo 17 kwietnia 1940 roku. Prawdopodobnie został pochowany na cmentarzu w Palmirach. Szczątku Moczyńskiego nie zostały zidentyfikowane podczas ekshumacji ciał ofiar przeprowadzonych przez Polski Czerwony Krzyż i Komisję Badań Zbrodni Niemieckich w Polsce.