W 1999 roku Bobic trafił do Borussii Dortmund, również grającej w Bundeslidze. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 14 sierpnia 1999 roku przeciwko 1. FC Kaiserslautern (0−1). W 2001 roku zajął z zespołem 3. miejsce w Bundeslidze. W styczniu 2002 roku został wypożyczony do angielskiego Bolton Wanderers FC. Grał tam do czerwca 2002 roku. Sezon 2002/2003 spędził na wypożyczeniu z Hannoverze 96.
W 2003 roku odszedł do Herthy BSC Berlin, również z Bundesligi. Latem 2005 roku opuścił drużynę Herthy. W styczniu 2006 roku podpisał kontrakt z chorwackim klubem NK Rijeka, gdzie latem tego samego roku zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Niemiec Bobic zadebiutował 12 października 1994 roku w zremisowanym 0−0 towarzyskim meczu z reprezentacją Węgier. 23 sierpnia 1995 roku w wygranym 2−1 towarzyskim pojedynku z reprezentacją Belgii strzelił pierwszego gola w drużynie narodowej.
W 1996 roku Fredi Bobic został powołany do kadry reprezentacji Niemiec na Mistrzostwa Europy. Zagrał podczas nich w spotkaniach z reprezentacją Czech (2−0), reprezentacją Włoch (0−0) oraz z reprezentacją Chorwacji (2−1). Reprezentacja Niemiec została triumfatorem tamtego turnieju.