W obrębie samej rodziny afroazjatyckiej języki czadyjskie mają najwięcej cech wspólnych z rodziną kuszycką i rodziną berberyjską.
Klasyfikacja wewnętrzna Ze względu na fakt, że języki czadyjskie są – z wyjątkiem hausa – stosunkowo słabo poznane, istnieje kilka różnych teorii na temat ich wewnętrznej klasyfikacji.
Według najnowszej klasyfikacji Paula Newmana z 1990 roku istnieją cztery główne gałęzie rodziny języków czadyjskich: języki zachodnioczadyjskie (z językami: hausa, gwandara, bole, angas, ron i in.) języki biu-mandara (z językami musgu, kotoko, mandara, tera i in.) języki wschodnioczadyjskie (z językami somrai, nancere, kera, dangla, mokulu, sokoro i in.) języki masa (z językami masa, zime i in.)
Powyższe gałęzie dzielą się według tej klasyfikacji na podgałęzie, grupy i języki. Dokładniejszą klasyfikację przedstawiono w artykułach dotyczących tych jednostek.
Do wcześniejszych klasyfikacji zaliczają się m.in. hipotezy Herrmanna Jungrathmayra i Josepha Greenberga:
Herrmann Jungraithmayr wydzielił tylko trzy podrodziny: zachodnią (z językiem hausa) centralną (z językiem musgu) wschodnią