Zlodowacenia plejstoceńskie kumak górski prawdopodobnie przetrwał na Bałkanach i Półwyspie Apenińskim i wtedy powstały główne linie mtDNA, różniące się między sobą w 4,7–5,2%. Inne obszary Europy opanowały w czasie interglacjałów. Na Węgry zwierzę dostało się znad zachodniego Dunaju (Kraj Zadunajski). Populacje północne mogły przemierzyć dwie alternatywne drogi: przedostać się przez Karpaty lub drogą zachodnią znad Dunaju. Obecnie wyróżnia się dwie główne linie gatunku: alpejską (zachodnią) i karpacką (wschodnią), do której zaliczają się też osobniki z północnego wschodu Węgier. Wydaje się, że klad karpacki wykazuje większą stabilność, być może przetrwał on też zlodowacenie w jakichś ostojach na terenie Europy Środkowej. Duże zróżnicowanie genetyczne wskazuje też na rozdrobnienie jego populacji już przed przybyciem na te tereny kumaka nizinnego. Natomiast w zachodniej części Węgier doszło do hybrydyzacji i zastąpienia kumaka górskiego nizinnym.