Guardia nakazał Picado Michalskiemu unieważnienie wyborów prezydenckich i pozostanie przy władzy, przez co w kraju wybuchła wojna domowaAlex Axelrod, Charles Phillips Władcy, tyrani, dyktatorzy. Leksykon, wyd. Politeja, Warszawa 2000, s. 482–483.Zygmunt Ryniewicz: Leksykon bitew świata, wyd. Alma-press, Warszawa 2004.. Z siłami rządowymi i oddziałami komunistycznymi ścierała się Armia Wyzwolenia Narodowego. W wyniku wojny domowej prezydent Teodor Picado Michalski udał się na emigrację.
W 1949 nowy prezydent José Figueres Ferrer rozwiązał armię i od tej pory Kostaryka utrzymuje jedynie paramilitarną policję. Ferrer opowiadał się za przereformowaniem Kostaryki na wzór socjalistyczny. Rząd nadał prawa wyborcze kobietom i ludności czarnoskórej (unieważnienie zakazu opuszczania przez nią prowincji Limon), zagwarantował edukację publiczną dla wszystkich obywateli, zabronił dwukrotnego z rzędu kandydowania na urząd prezydenta kraju, upaństwowił banki, a także wprowadził instytucję Trybunału Wyborczego, mającego nadzorować przebieg każdych kolejnych przyszłych wyborów prezydenckich. W 1951 Figueres Ferrer stworzył socjaldemokratyczną Partię Wyzwolenia Narodowego (PLN). Lewicowy prezydent opiekował się prywatnym sektorem przemysłowym i stymulował rozwój zakładów państwowych.