Historia Lata 1923–1954 Wyższe Seminarium Duchowne Kościoła Polskokatolickiego czerpie genezę z założonego w 1923 Seminarium Duchownego Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego (PNKK). Seminarium mieściło się w Krakowie przy ulicy Antoniego Madalińskiego 10. Jego założyciel, a zarazem pierwszy rektor, bp Franciszek Bończak zachęcał w organie prasowym Kościoła „Polska Odrodzona” młodych mężczyzn, aby wstępowali do Seminarium narodowego.
I Synod Kościoła PNKK w Polsce, w którym uczestniczył bp Franciszek Hodur – organizator PNKK – obradujący w Warszawie w dniach 27–29 czerwca 1928 powołał formalnie do istnienia Seminarium Duchowne, ustalając program nauczania i regulamin alumnów. Siedzibę Seminarium w Krakowie przeniesiono z ulicy Madalińskiego na ulicę Czarną 2 (przemianowana na ulicę Franciszka Hodura). Większy napływ studentów do Seminarium Duchownego rozpoczął się od 1927. W latach 1927–1939 studiowało w seminarium 60 alumnów. Kandydaci do kapłaństwa pochodzili zwykle z rodzin biednych, nieraz byli półsierotami. W przygotowaniu do kapłaństwa wszczepiano alumnom idee narodowe, które miały być ich programem duszpasterzowania.