Wybuch I wojny światowej zaważył na życiu szkoły i chociaż w Gdańsku nie było bezpośrednich działań wojennych, to warunki życia mieszkańców znacznie się pogorszyły. Część profesorów i uczniów najstarszych klas zostało powołanych do wojska, lekcje odbywały się nieregularnie i były przerywane innymi zajęciami (wykonywane były prace polowe i ćwiczenia wojskowe), natomiast w szkole zorganizowano dożywianie. Wkrótce z frontu zaczęły dochodzić meldunki o stratach, a uczniowie opłakiwali swoich poległych kolegów. W 1918 tylko 9 uczniów zdawało maturę. Był to pierwszy rocznik, który przeszedł cały cykl nauczania.
28 czerwca 1919 na mocy traktatu pokojowego w Wersalu Gdańsk otrzymał prawa Wolnego Miasta. Zaistniała potrzeba stworzenia polskiego szkolnictwa i w 1921, pomimo wielu trudności i przeszkód ze strony pruskich władz szkolnych, staraniem polskich organizacji założono w Gdańsku Polską Macierz Szkolną. Mimo to męskie Królewskie Gimnazjum Realne pozostało szkołą niemiecką.