Od kwietnia 2001 do 29 września 2002 był szkoleniowcem drugoligowego Lecha Poznań, którego uratował przed spadkiem do III ligi i z którą w następnym sezonie awansował do ekstraklasy. Po zwolnieniu ze stanowiska, od 1 lipca 2003 ponownie znalazł zatrudnienie w Pogoni i był to kolejny klub, który pod jego wodzą awansował do I ligi. Szczecińską drużynę prowadził do 8 października 2004 (dwie pierwsze kolejki w ekstraklasie razem z czeskim szkoleniowcem Pavlem Malurą). Następnie był dyrektorem Wydziału Sportu w szczecińskim Urzędzie Miasta. 7 lutego 2005 został zatrzymany przez policję za jazdę pod wpływem alkoholu, po czym oddał się do dyspozycji ówczesnego prezydenta miasta Mariana Jurczykagazeta.pl: Pytanie o skutki jazdy Baniaka po grzańcu..
Od 12 kwietnia 2005 do rozwiązania drużyny 1 lutego 2007 trenował ekipę Kujawiaka Włocławek (od wiosny 2006 pod zmienioną nazwą Zawisza Bydgoszcz). 21 marca 2007 został po raz kolejny trenerem szczecińskiej Pogoni, zastępując Czecha Libora Palę. Podpisał kontrakt ważny do czerwca 2008, lecz pracował jedynie do spadku z ekstraklasy w sezonie 2006/07.