W środowisku naukowym dużym echem odbiła się polemika Henniga z biologiem ewolucyjnym Ernstem Mayrem. Ten ostatni skrytykował koncepcje Henniga, a jego stwierdzenie, że ptaki i krokodyle są w rzeczywistości grupami siostrzanymi, nazwał „absurdem”, mimo iż nie negował, że cechy wspólne ptaków i krokodyli są synapomorfiami. To wówczas Mayr ukuł termin „kladystyka” (ang. cladistics), który powszechnie przyjął się na określenie „systematyki filogenetycznej”.
Przykład Na przedstawionym na rysunku kladogramie widać pokrewieństwo niektórych gatunków małp człekokształtnych (dla uproszczenia przyjmijmy, że wszystkie konieczne taksony zostały zaznaczone).
Wnioski z analizy: istniał kiedyś osobnik (w praktyce niewielka populacja) będący przodkiem orangutanów, goryli, szympansów, bonobo i ludzi, który jednocześnie nie był przodkiem żadnego innego taksonu. Można określić dokładnie czas, w którym żył (przynajmniej teoretycznie). Nazwijmy grupę jego potomków "kladem 1".
cechy organizmów należących do „kladu 1”, które występowały u tego osobnika to cechy plezjomorficzne orangutany wykazują tylko cechy plezjomorficzne „kladu 1”i cechy apomorficzne własnej grupy istniał kiedyś osobnik będący przodkiem dla goryli, szympansów, bonobo i ludzi, nie będący zaś przodkiem orangutanów ani żadnego innego gatunku.