W konsekwencji 12 września 1989 Czesław Janicki został wicepremierem oraz ministrem rolnictwa, leśnictwa i gospodarki żywnościowej w rządzie Tadeusza Mazowieckiego (od 20 grudnia 1989 był wicepremierem oraz ministrem rolnictwa i gospodarki żywnościowej). Pod koniec urzędowania w resorcie doszło do nasilonych protestów rolników. 27 czerwca 1990 grupa rolników rozpoczęła okupację budynku ministerstwa. Dwa dni później w godzinach porannych premier podjął decyzję w sprawie szturmu Policji. Czesław Janicki sprzeciwił się tej decyzji, co doprowadziło między nim a Tadeuszem Mazowieckim do sporu. 6 lipca Czesław Janicki został odwołany ze stanowiska. Tymczasowym kierownikiem resortu został Mieczysław Stelmach. 14 września 1990 premier mianował na urząd ministra Janusza Bylińskiego. W 1991 Czesław Janicki nie ubiegał się o poselską reelekcję.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie Postanowieniem z 26 lipca 2012, za wybitne zasługi na rzecz budowy demokratycznego państwa polskiego, za osiągnięcia w działalności państwowej, publicznej i naukowo-dydaktycznej, został odznaczony przez prezydenta Bronisława Komorowskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia PolskiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 26 lipca 2012 r. o nadaniu orderu ().