Pierwszym etapem było utworzenie w 1990 roku dwóch wydziałów jako części Uniwersytetu Masaryka w Brnie: Wydziału Filozoficznego w Opawie oraz Wydziału Handlowo-Przedsiębiorczego w Karwinie. Z tych dwóch jednostek, na mocy ustawy Czeskiej Rady Narodowej z 9 lipca 1991 roku, powstał Uniwersytet Śląski z siedzibą w Opawie.
Wydział Filozoficzny w Opawie został później przekształcony w Wydział Filozoficzno-Przyrodniczy. W 2008 roku z części jego programów wyodrębniono Wydział Polityk Publicznych w Opawie.
Matematyka była obecna w strukturze uczelni od początku jej istnienia, a w 1999 roku została wyodrębniona jako samodzielny Instytut Matematyczny w Opawie. W 2020 roku utworzono samodzielny Instytut Fizyki w Opawie, kontynuujący działalność wcześniejszego Instytutu Fizyki w strukturze Wydziału Filozoficzno-Przyrodniczego.
Struktura Uniwersytet Śląski w Opawie składa się z pięciu głównych jednostek: trzech wydziałów oraz dwóch instytutów o statusie samodzielnych jednostek uczelnianych.
Są to: Wydział Filozoficzno-Przyrodniczy w Opawie (); Wydział Handlowo-Przedsiębiorczy w Karwinie (); Wydział Polityk Publicznych w Opawie (); Instytut Matematyczny w Opawie (); Instytut Fizyki w Opawie ().