W 1997 odniósł zwycięstwo w wielkoszlemowym turnieju French Open, eliminując po drodze m.in. kilku byłych triumfatorów – Thomasa Mustera, Jewgienija Kafielnikowa, a w finale wynikiem 6:3, 6:4, 6:2 Sergiego Bruguerę. Kuerten stał się tym samym pierwszym najniżej sklasyfikowanym w historii zwycięzcą turnieju (startował jako 66. zawodnik) oraz pierwszym Brazylijczykiem, który wygrał rozgrywki tej kategorii.
Sezon 2000 Brazylijczyk zakończył jako pierwszy tenisista z Ameryki Południowej na 1. pozycji w rankingu ATP w erze open. Do tego sukcesu przyczyniło się ponowne zwycięstwo we French Open, triumf w kończącym rok turnieju ATP Finals i wygrana w imprezie rangi ATP Masters Series w Hamburgu.
Kolejny sezon Kuerten zakończył na 2. pozycji w zestawieniu singlowym ATP. W czerwcu obronił tytuł na kortach French Open pokonując w finale Àlexa Corretję. Dodatkowo tenisista brazylijski zwyciężył w prestiżowych zawodach ATP Masters Series w Monte Carlo i Cincinnati i trzech niżej notowanych turniejach.
Od 2002 roku Kuerten zaczął zmagać się z licznymi kontuzjami. M. in. w lutym 2002 roku przeszedł artroskopię prawego stawu biodra. Podobną operację przeszedł dwa lata później. Pomimo problemów zdrowotnych wygrał pomiędzy latami 2002–2004 cztery singlowe turnieje.