W 1793 roku Krotoszyn znalazł się w zaborze pruskim. W pruskim podziale administracyjnym Krotoszyn był miastem powiatowym (1793-1919). Swoją siedzibę miał tu landrat powiatu Krotoszyn. W 1819 roku miasto nabył bawarski książę Karol Aleksander von Thurn und Taxis. Książęta tego rodu utworzyli na okolicznych terenach latyfundium nazywane księstwem krotoszyńskim (1819-1927).
Wiek XIX i początek wieku XX, to okres uprzemysłowienia Krotoszyna, ale także przyspieszonego rozwoju rzemiosła (kuśnierstwo, garbarstwo, szewstwo), szkolnictwa (gimnazjum, seminarium nauczycielskie), spółdzielczości (polska kasa pożyczkowa, Bank Ludowy, Towarzystwo Rolnicze, Towarzystwo Pszczelarzy) i rolnictwa (XIX wiek, cykoria). Według spisu urzędowego z 1837 roku miasto liczyło 6266 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 653 dymy (domostwa). W 1910 roku Krotoszyn zamieszkiwało 13 tysięcy osób.
Mieszkańcy Krotoszyna brali czynny udział w powstaniu wielkopolskim. Miasto zostało zdobyte przez Polaków 1 stycznia 1919 roku, między innymi dzięki interwencji pociągu pancernego Poznańczyk. W latach międzywojennych nastąpiło zahamowanie rozwoju miasta.