Obok Kościołów kanonicznych istnieją również Cerkwie prawosławne o nieuregulowanym lub niejasnym statusie zwane niekanonicznymi. Kościoły te z różnych przyczyn nie posiadają wszystkich przymiotów kanoniczności i w związku z tym nie są uznawane przez wszystkie Kościoły autokefaliczne. Ryt bizantyjski Kościoły prawosławne – kanoniczne Patriarchat Ekumeniczny Konstantynopola Fiński Kościół Prawosławny Estoński Apostolski Kościół PrawosławnyZależność od patriarchatu konstantynopolitańskiego nieuznawana przez patriarchat moskiewski. Kościół Prawosławny Krety Samorządna Wspólnota Mnisza z Athos Ukraiński Kościół Prawosławny Stanów Zjednoczonych Ukraiński Kościół Prawosławny Kanady Amerykańska Karpato-Rusińska Diecezja Patriarszy Egzarchat Prawosławnych Parafii Rosyjskiej Tradycji w Europie Zachodniej Albańska Prawosławna Diecezja Ameryki Patriarchat Aleksandrii i Afryki Patriarchat Antiochii Antiocheńska Prawosławna Archidiecezja Północnej Ameryki Patriarchat Jerozolimy Klasztor Świętej Katarzyny Rosyjski Kościół Prawosławny Japoński Kościół Prawosławny Chiński Kościół Prawosławny Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego Mołdawski Kościół Prawosławny Łotewski Kościół Prawosławny Estoński Kościół Prawosławny Rosyjska Cerkiew Prawosławna poza granicami Rosji Egzarchat Białoruski