Za demonstracyjne zniszczenie ogrodzenia ogrodu, który wydzielił sobie z terenu gimnazjum naczelnik książę Aleksander Wielopolski, był więziony. Po uwolnieniu wyjechał na prowincję, kontynuując działania aresztowanego w 1862 brata Jana na terenie województwa lubelskiego. Najaktywniej szerzył idee Ludwika Mierosławskiego w środowisku młodzieży uczącej się i rzemieślników. Z ramienia Komitetu Centralnego Narodowego został komisarzem lubelskim jesienią 1862.
Na początku stycznia 1863 zainicjował prawdopodobnie zjazd komisarzy wojewódzkich, gdzie samodzielnie postanowiono o terminie wybuchu powstania. Frankowski przedstawił tę decyzję Komitetowi Centralnemu, za co został na krótko aresztowany przez tenże komitet. Zwolniony dzięki poręczeniom m.in. Zygmunta Padlewskiego, zorganizował oddział złożony ze studentów Instytutu Politechnicznego w Puławach. Na czele tego oddziału zdobył Kazimierz Dolny i stoczył zwycięską potyczkę pod Kurowem, zdobywając furgon pocztowy ze znaczną sumą pieniędzy. Wkrótce przekazał dowództwo wojskowe, ale pozostał przy oddziale. 8 lutego w czasie chaotycznego wycofywania się przed większym oddziałem rosyjskim powstańcy zostali rozbici w potyczce pod Słupczą (Dwikozami) niedaleko Sandomierza.