W marcu 1861 roku po demonstracji upamiętniającej powstanie 1864 został aresztowany i wydalony z Krakowa. Gdy po kilku miesiącach wrócił do Krakowa pozwolono mu kontynuować studia, ale na Wydziale Prawa. Ponownie, dwukrotnie był aresztowany i osadzany w areszcie w marcu 1862 roku. W lipcu 1862 roku podpisał adres studentów UJ wzywający Karola Szajnochę do objęcia Katedry Historii Polskiej na uczelni.
W połowie 1862 roku został setnikiem mającej kierować ruchem spiskowym Ławy Krakowskiej, którą założył z Ludwikiem Kubalą, oraz nadrzędnej wobec niej tajnej Rady Naczelnej Galicyjskiej, centralnej organizacji „czerwonych” w zaborze austriackim, którą powołał do życia z Izydorem Demidowiczem i . Prawdopodobnie był współredaktorem dwóch numerów wydanego przez RNG pisma „Bicz”, przygotował także z Kubalą w styczniu 1863 roku jedyny numer tajnego czasopisma „Galicja”.