Ponownie w latach czterdziestych wyjechał na Litwę do księcia Janusza Radziwiłła, stał się jego przybocznym medykiem, ponadto wykładał w szkole kiejdańskiej matematykę, fortyfikował Birże i Kiejdany. Zmarł stosunkowo młodo, mając 42 lata w 1650 w Kiejdanach, tamże pochowany, zachowało się jego barokowe epitafium (w zbiorach Muzeum w Kiejdanach), barokowe popiersie Freytaga znajduje się w zbiorach Muzeum im. Čiurlonisa w Kownie.
24 czerwca 2004 na budynku znajdującym się obecnie w miejscu domu rodzinnego Adama Freytaga przy ul. Mostowej 34 w Toruniu wmurowano tablicę pamiątkową.
Adam Freytag jest patronem Oddziału Północnego Towarzystwa Przyjaciół Fortyfikacji w Toruniu.
Bibliografia Herbst S., Freytag Adam, Polski Słownik Biograficzny, t. 7, 1958 Mikulski K., Dom i środowisko rodzinne Adama Freitaga, tamże. Nowak T. M., Adam Freytag i jego Architectura Militaris Nova et Aucta..., [w:] Fortyfikacja t. V, Zebra 1998 ISSN 1425-4409. Serczyk J., Adam Freytag (1608–1650), matematyk i inżynier wojskowy, [w:] Wybitni ludzie dawnego Torunia, PWN 1982 .