Władze klubu zdecydowały o zgłoszeniu drużyny do rozgrywek kaliskiej klasy okręgowej. Jarota na dwie kolejki przed końcem zapewnił sobie awans do IV ligi. Pierwszy sezon (2001/2002) jarociński zespół ukończył na czwartym miejscu. W kolejnym sezonie Jarota zdobył Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim, po pokonaniu w finale rezerw Amiki Wronki. Przeciwnikiem w pierwszej rundzie na szczeblu centralnym był Górnik Polkowice, który bez problemu pokonał jarocinian 4:1. W lidze Jarota zajął pierwsze miejsce i awansował do baraży o III ligę, w których przegrał dwukrotnie 2:0 z rezerwami Lecha Poznań. Jarociński zespół dostał kolejną szansę na awans do III ligi. Po wycofaniu się Gwardii Koszalin, wicemistrzowie IV ligi walczyli o awans. W półfinale Jarota pokonał 2:0 Zawiszę Bydgoszcz, a w finale przegrał 1:0 z rezerwami Pogoni Szczecin. W sezonie 2004/2005 drużyna zajęła drugie miejsce za Kanią Gostyń. Kolejny sezon dał kolejny awans do baraży o III ligę. Pierwszy mecz z Nielbą Wągrowiec Jarota przegrał 1:0, w drugim jarocinianie rozgromili przeciwnika 4:0 i awansowali do III ligi. W pierwszym sezonie występów na boiskach trzecioligowych, zespół Jaroty zajął wysoką trzecią lokatę. W sezonie 2007/2008 Jarota ponownie należał do czołówki i uzyskał awans do nowej, zreformowanej II ligi. Kolejny sezon nie był już taki udany.