Przebieg wyboru składu komisji był kontrowersyjny. Platforma Obywatelska mająca w Sejmie niewiele mniej posłów niż PiS, otrzymała dwukrotnie mniejszą reprezentację w Komisji. Posłowie tej partii przypominali, że w poprzedniej kadencji Sejmu, to największe ugrupowanie rezygnowało z miejsc w komisjach na rzecz opozycji. Podobnie przebiegał wybór wiceprzewodniczących – żaden z posłów Platformy nie został wybrany na to stanowisko.
Skład komisji W skład Komisji wchodzi 10 członków, których wybrano 12 maja 2006Uchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 12 maja 2006 r. w sprawie wyboru składu osobowego Komisji Śledczej do zbadania rozstrzygnięć dotyczących przekształceń kapitałowych i własnościowych w sektorze bankowym oraz działań organów nadzoru bankowego w okresie od 4 czerwca 1989 r. do 19 marca 2006 r.