Wymagało to wydrążenia 100-metrowego tunelu w skarpie wzgórza. Od dworca układ torów prowadził wówczas przez południową część wyspy Kępa Parnicka (obecną ul. Maklerską, niem. nazwa Eisenbahnstraße, czyli ul. Kolei Żelaznej), wzdłuż Kanału Rybnego (do 1859) oraz przez wyspę Siedlińską Kępę i wzdłuż obecnej ul. Hangarowej do dworca w Dąbiu. Do 1857 przez Szczecin prowadziła linia kolejowa z Berlina do Królewca przez Krzyż, Piłę, Bydgoszcz i Tczew. thumb|left|Przystanek tramwajowy, 1975 r.
W 1859 rozbudowano i przekształcono dworzec w przelotowy, budując obecny układ torów przez północną część Kępy Parnickiej i obecny dworzec Szczecin Port Centralny. W 1898 z dworca poprowadzono ostatnią linię – do Jasienicy (obecnie północne osiedle miasta Police). W skarpie została zlokalizowana nieczynna już lokomotywownia.
Około 1900 powstał budynek dworca, który po przebudowach i odbudowie po zniszczeniach II wojny światowej istnieje do dzisiaj.