W sierpniu 1947 w Linares odbyła się wielka korrida – oprócz Manolete wzięli w niej udział: słynny Gitanillo de Triana oraz Dominguín, którego wielka sława miała wkrótce rozbłysnąć. Manolete w piątej walce dnia stanął naprzeciwko byka imieniem Islero z hodowli Miura. Był to jego drugi byk tego dnia. Manolete zdołał wbić szpadę w kark Islero, ten jednak znalazł jeszcze siłę na ostatni atak i dźgnął matadora rogiem w udo. Za występ toreadora nagrodzono oboma uszami byka, ale wkrótce okazało się, że rana jest zbyt poważna. Mimo kilku transfuzji Manolete zmarł tego samego popołudnia. Do dzisiaj nie ma pewności, czy do zgonu doszło z powodu ran zadanych przez byka, czy przez zakażenie jakie wdało się po przetoczeniu krwi. Jego śmierć była szokiem dla tysięcy fanów w całej Hiszpanii.
Śmierć Manolete miała jeszcze inny tragiczny wymiar. W październiku 1947 miał ożenić się z aktorką Lupe Sino. Związek ten nie był akceptowany przez jego matkę. Gdy umierający toreador leżał na łożu śmierci, jego narzeczona nie została do niego dopuszczona.