W styczniu 1863 z Odessy przeniósł się do Królestwa i w ostatnich dniach kwietnia oddał się do dyspozycji Wydziału Wojny Rządu Narodowego, a w maju otrzymał nominację na podpułkownika wojsk narodowych woj. kaliskiego i przydzielony w charakterze oficera do specjalnych zleceń do sztabu gen. Edmunda Taczanowskiego. W powstaniu był wojskowym naczelnikiem powiatów: piotrkowskiego, sieradzkiego i wieluńskiego. Wykonując rozkaz generała Taczanowskiego uformował na tym terenie dwa pułki ułanów. Jeden z tych pułków (422 konnych) 7 sierpnia 1863 został rozlokowany w Chociwiu. Jego dowódcą został płk Kajetan Słupski. Kopernicki brał udział w wielu bitwach, także w tragicznej bitwie dla ugrupowania jazdy gen. Taczanowskiego, stoczonej 29 sierpnia 1863 r. na polach wsi Kruszyna i Nieznanice. Po tej klęsce Taczanowski wyjechał za granicę, a płk Kopernicki usiłował zebrać rozbite oddziały powstańcze.
7 września 1863 otrzymał nominację na pułkownika i naczelnika wojennego woj. kaliskiego. Czynił próby ożywienia powstania. W tym celu planował powołanie plutonów powstańczych w oparciu o okrążki (kilka parafii). Udało mu się zmobilizować ok. 2000 ludzi i przedłużyć akcje powstańcze do wiosny 1864.