Wspólnie z Harrym (oraz Hermioną, Ronem, Neville'em i Ginny) wyprawia się do Departamentu Tajemnic, gdzie bierze udział w walce ze Śmierciożercami dowodzonymi przez Lucjusza Malfoya i Bellatrix Lestrange. W dzieciństwie widziała śmierć bliskiej jej osoby (swojej matki, która zmarła na skutek wypadku). Dlatego była w stanie zobaczyć niewidzialne konie – testrale. To właśnie ona wpadła na pomysł, by przy ich pomocy dostać się do Ministerstwa Magii. Może również, podobnie jak Harry, słyszeć szepty zmarłych dochodzące zza kamiennego łuku w Sali Śmierci, w której życie stracił Syriusz Black. Luna była jedyną osobą, której Harry zwierzył się ze swojego smutku po śmierci Syriusza – tylko ona tak naprawdę rozumiała, co on wtedy czuł.
Harry Potter i Książę Półkrwi Dzięki sławie uczestniczki wyprawy do Departamentu Tajemnic Luna zdobyła w szkole pewną popularność, wciąż jednak, poza kręgiem przyjaciół, uważana była za pomyloną. Towarzyszyła Harry’emu na balu wydanym przez profesora Slughorna. W czasie przyjęcia wdała się w dotyczącą wróżb rozmowę z profesor Trelawney.