Również terytorium miasta Torunia stanowiło osobną jednostkę administracyjną, autonomiczną wobec wojewody i sejmiku.
Powierzchnia powiatów i wydzielonych okręgów administracyjnych: powiat chełmiński – 2065 km² powiat michałowski – 1314 km² terytorium biskupów chełmińskich – 916 km² niezależne terytorium miasta Torunia – 359 km²
W 1764 w związku z próbą ograniczenia liczby posłów z Prus Królewskich przeprowadzono reorganizację administracyjną Prus Królewskich, wprowadzając podział województwa na 7 powiatów (chełmiński, toruński, grudziądzki, radzyński, kowalewski, brodnicki i nowomiejski), a następnie w 1767 dodano jeszcze dwa kolejne, golubski i łasiński. Były one w praktyce jedynie okręgami sejmikowymi (z każdego powiatu miało być wysyłanych 2 posłów), a dalej zachowano dawny podział na dwa okręgi sądowe. W praktyce, z powodu konfederacji barskiej, a następnie I rozbioru decyzje te nigdy nie weszły w życie i nawet nie wytyczono granic poszczególnych powiatów.