Na uposażenie kierowników przeznaczono probostwo Samborskie. W 1685 roku decyzją sejmu dokonano inkorporacji probostwa samborskiego do seminarium, dlatego prefekt seminarium był również prepozytem Samborskim. W 1680 roku biskup złożył projekt erekcji seminarium kapitule katedralnej. 26 czerwca 1684 roku kapituła katedralna wyraziła zgodę na erekcję seminarium. Pierwszymi prepozytami i prefektami byli ks. Jan de Malet Fondelin i ks. Jan Antoni Fabri (1686–1687), ale kapituła katedralna zwlekała z decyzją o erekcji seminariumks. Jan Rąb Seminarium Diecezjalne w Przemyślu pod kierunkiem księży Misjonarzy (1687-1783) (str. 255-288) [dostęp 2019-05-09].
Seminarium zostało erygowane 6 lutego 1687 roku przez biskupa Jana Stanisława Zbąskiego. W 1688 roku został wybudowany piętrowy budynek seminaryjny. 4 maja 1689 roku sufragan bp Jan Dębski położył kamień węgielny pod budowę kaplicy seminaryjnej pw. św. Karola Boromeusza, którą poświęcił ją w 1696 roku rektor ks. Jan Treter. W latach 1724–1734 bp Aleksander Antoni Fredro rozpoczął budowę drugiego piętra, a ukończył w latach 1742–1659 bp Wacław Hieronim SierakowskiBudynek Seminarium Duchownego w Przemyślu. Etapy rozbudowy do 1911 roku (str.