Środowisko naturalne Bet Sze’an jest położone na wysokości 125 metrów p.p.m. w intensywnie użytkowanej rolniczo Dolinie Bet Sze’an, będącej częścią Rowu Jordanu w Dolnej Galilei. Okoliczny teren jest stosunkowo płaski, opada jednak w kierunku wschodnim w depresję rzeki Jordan. Wzdłuż północnej granicy miasta przebiega wadi rzeki Charod, z którym łączy się przepływający przez centrum strumień Kibucim. W odległości 4 km na wschód od miasta przepływa rzeka Jordan, stanowiąca granicę państwową z Jordanią. Wokół miasta znajdują się liczne źródła, których wody są odprowadzane do sztucznych stawów hodowlanych. Jedynymi niewielkimi wzgórzami są wzgórza pochodzenia ludzkiego, takie jak położone na północy Tel Bet Sze’an, Tel Icteba i Nacharon Telefon, po stronie zachodniej Tel Bacula i Tel Temes, oraz na wschodzie Tel Nysa. W odległości 4 km na południowy zachód od miasta wznosi się masyw górski Gilboa, a na północy jest Ramot Jissachar.
Historia