Już w rok później pacyfikował zrewoltowaną Ukrainę (powstanie pod wodzą Semena Paleja) ramię w ramię z późniejszym przeciwnikiem Józefem Potockim, następnie dowodził częścią wojsk polsko – litewsko – saskich podczas bitwy Warszawskiej 1705 roku. Po śmierci hetmana wielkiego Hieronima Augustyna Lubomirskiego, otrzymawszy po nim godność hetmana wielkiego dowodził wojskiem polskim w kampanii 1706 i lewym skrzydłem armii polsko-rosyjsko-saskiej podczas bitwy kaliskiej.

Po abdykacji Augusta II był faktycznym przywódcą konfederacji przeciw Szwedom i Stanisławowi Leszczyńskiemu. W latach 1707–1709 na jego koszt z misją dyplomatyczną w Rosji przebywał Józef Tausz. W roku 1710 Sieniawski został kasztelanem krakowskim, czyli pierwszym senatorem Rzeczypospolitej. Od tego czasu związany był z Rosją. Był uczestnikiem Walnej Rady Warszawskiej 1710 rokuVolumina Legum, t. VI, Petersburg 1860, s. 99.. W okresie konfederacji tarnogrodzkiej był więziony przez konfederatów.

Po zawarciu pokoju w Altranstädt myślał o koronie dla siebie przy pomocy Piotra Wielkiego;