Poza tym samolot posiada bogate wyposażenie awioniczne jak: wysuwany termonamiernik, systemy pozwalające operować nad terenami, na których nie znajdują się naziemne pomoce nawigacyjne: RSBN, RSDN (radiotechniczne systemy bliskiej i dalekiej nawigacji), system Tropik, wykorzystujący nawigację satelitarną, oraz wiele innych. Jednak najciekawszymi urządzeniami są systemy wymiany danych APD-518 i dekryptażu RK-RŁDN, które pozwalają niejawnie przekazywać informacje o celach innym samolotom oraz stanowiskom naziemnym. Umożliwia to grupie czterech MiG-31 patrolować pas o szerokości 800–900 km. Urządzenia te opracowano w początku lat 70. XX w. i stanowią ciekawostkę w porównaniu do np. amerykańskiego JTDS z lat 90. XX w. Wyjątkowość samolotu polega też na tym, że jako jeden z niewielu samolotów produkowanych seryjnie (poza MiG-25, SR-71, Eurofighter Typhoon, F-22 i Concorde) jest w stanie długotrwale utrzymywać prędkość naddźwiękową bez użycia dopalacza (właściwość supercruise).