Historia cmentarza thumb|Najstarsze nagrobki, pochodzące z 1736 thumb|Nagrobek Ester Dajcz zmarłej i pochowanej 31 grudnia 1856 thumb|Nagrobek z motywem liry i widocznymi resztkami złotej polichromii Dokładna data założenia cmentarza nie jest znana, choć można domniemywać po datowaniu najstarszego nagrobka, iż zaczęto tam dokonywać pochówków na początku XVIII wieku. Ocenia się, iż skoro początki gminy żydowskiej w Skwierzynie to XV wiek, musiał istnieć starszy kirkut, który być może znajdował się niedaleko starego cmentarza protestanckiego, którego ślady do niedawna były zauważalne przy dzisiejszej ulicy Jana III Sobieskiego.
Ostatnich zmarłych pogrzebano tam w latach 30. XX wieku, kiedy to w mieście nie było już prawie Żydów. Kirkut przetrwał czasy nazizmu i wojennej pożogi w stanie niemal nienaruszonym. Stan taki utrzymywał się mniej więcej do połowy lat 60., do tego czasu nekropolia nie ucierpiała poważniej z ręki człowieka.