Jego ważniejsze dzieła to: System logiki dedukcyjnej i indukcyjnej (System of Logic, Ratiocinative and Inductive), O wolności (On Liberty), Uwagi o rządzie reprezentatywnym (Considerations on Representative Government) oraz Poddaństwo kobiet (The Subjection of Women, 1869). Ostatnie lata, po wczesnej śmierci żony, spędził w osamotnieniu. Zmarł we Francji w roku 1873.
Poglądy filozoficzne Poglądy filozoficzne Johna Milla dzielą się na dwa okresy. We wczesnym okresie był on zdecydowanym zwolennikiem utylitaryzmu i kontynuatorem brytyjskiego empiryzmu (był spadkobiercą Bacona, Hobbesa, Newtona i Locke’a). W poglądach Milla można wyróżnić trzy rodzaje empiryzmu: empiryzm genetyczny (wszelka wiedza jednostki ludzkiej pochodzi wyłącznie z doświadczenia, a jej sądy są nabyte) empiryzm epistemologiczny (jedynym kryterium wiedzy jest doświadczenie) empiryzm metodologiczny (prawdziwe twierdzenia naukowe mogą być wypracowane tylko dzięki doświadczeniu; doświadczenie warunkuje prawomocność;