Granice Beskid Wyspowy zajmuje powierzchnię ok. 1000 km² i położony jest pomiędzy Beskidem Makowskim, Kotliną Rabczańską, Gorcami, Kotliną Sądecką a Pogórzem Wiśnickim i Pogórzem Rożnowskim. Nie jest to jednak wystarczająco dokładne określenie i stąd przez różnych autorów różnie wytyczane są jego granice.
Według regionalizacji fizycznogeograficznej Polski z 2018 dostępnej w serwisie mapowym Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska oraz opisanym w numerze czasopisma naukowego „Geographia Polonica” granice zostały poprawione względem dawniej regionalizacji J. Kondrackiego. Granice te przebiegały następująco: granica zachodnia: od Myślenic w górę wzdłuż Raby i jej dopływu Krzczonówki do Łętowni, stąd przez Skomielną Białą i wzdłuż Skomielnianki do Raby w Rabce-Zdroju. granica południowa: Rabą w dół, dalej rzeką Mszanką w górę na przełęcz Przysłop, stąd drogą w dół i potokiem Czerwonka na niską przełęcz po południowej stronie Magorzycy, z przełęczy potokiem Głębieniec i dalej wzdłuż rzeki Kamienica Gorczańska do Dunajca. Magorzyca, Wielki Wierch i Kiczora Kamienicka, mimo że znajdują się po południowej stronie Kamienicy Gorczańskiej, należą do Beskidu Wyspowego. granica wschodnia (uściślona przez Speleoklub Beskidzki): Dunajcem do Gołkowic, a stąd drogą przez Podegrodzie do Jeziora Rożnowskiego.