Prawdopodobnie pierwszym pochowanym na cmentarzu był kupiec – Józef Fabian Słowik (31 grudnia 1907). W swojej ponadstuletniej historii cmentarz niejednokrotnie gromadził wielotysięczne tłumy. Stało się tak 17 sierpnia 1910 roku na pogrzebie Klimka Bachledy (obecni byli m.in. Henryk Sienkiewicz, hr. Władysław Zamoyski). W grudniu 1924 roku pochowano tam tragicznie zmarłego starego przewodnika Jana Gąsienicę Daniela. W maju 1926 roku Zakopane żegnało Bartłomieja Obrochtę. W roku 1929 były tu pogrzeby taternickie: najpierw pochowano taternika Mieczysława Świerza, a po kilku miesiącach Lidę i Marzenę Skotnicówny. W roku 1932 pożegnano Stanisława Krzeptowskiego.
W czasie okupacji cmentarz stał się miejscem licznych egzekucji przeprowadzanych przez hitlerowców.
Na cmentarzu znajduje się kwatera żołnierzy poległych podczas I wojny światowej, to austriacki Cmentarz wojenny nr 378 – Zakopane, jest to część kwatery XIII. Pochowano na nim kilkunastu poległych żołnierzy z I, II i III brygad Legionów Polskich pochodzących z Podhala. Chowano na nim także zmarłych w okresie powojennym Legionistów. Przeniesiono na ten cmentarz prochy gen.