Jego hasło wyborcze brzmiało: „Pięćdziesiąt lat postępu w pięć”.
Jego rządy rzeczywiście zaznaczyły się znacznym rozwojem kraju, co wszelako nacechowane było silnie nacjonalizmem i populizmem. Za jego rządów założono miasto Brasília, która od 1960 jest stolicą Brazylii. Zbudowano ją wedle założeń modernistycznych na podstawie projektu Lucio Costy i Oscara Niemeyera Soaresa.
Jednakże, wedle krytyków prezydenta, cena rozwoju była zbyt wielka – ukuli nawet hasło: „Pięćdziesiąt lat inflacji w pięć”.
W 1961 Kubitschek odszedł ze stanowiska prezydenta, zastąpiony przez Jânio Quadrosa. Po przejęciu władzy przez wojskową juntę w 1964 został na dziesięć lat pozbawiony praw publicznych. Wybrał więc emigrację do USA i krajów Europy. Powrócił jednak w 1967, ale w 1976 zginął w wypadku samochodowym. 350 tysięcy ludzi uczestniczyło w jego pogrzebie w założonej przez niego stolicy. Obecnie spoczywa w nowym mauzoleum, otwartym w 1981.
Niejasności wokół śmierci Kubitschka spowodowały w maju 2013 roku wszczęcie śledztwa przez Komisję Prawdy, powołaną dwa lata wcześniej przez prezydent Dilmę Rousseff celem wyjaśnienia zbrodni dawnej junty.