Wojna domowa W 1936 w Hiszpanii wybuchła wojna domowa, podczas której zdarzały się prześladowania katolików, a w szczególności duchowieństwa. Ksiądz Josemaría musiał się ukrywać przez długie miesiące, nie mogąc odprawiać mszy i przemieszczając się po mieście z narażeniem życia. Ukrywał się m.in. u znajomych, w sanatorium dla chorych psychicznie, w konsulacie Hondurasu. Jesienią 1937 razem z trzema innymi młodymi członkami Opus Dei postanowił przejść z części kontrolowanej przez republikanów do strefy kontrolowanej przez Frankistów, gdzie katolicyzm był częścią panującej ideologii frankistowskiej. 7 października opuścili Madryt, a 12 grudnia dotarli po przejściu przez Pireneje do San Sebastián (ten okres życia świętego został ukazany w filmie Gdy budzą się demony).