W 1612, w czasach cesarza Macieja, miejscowość zmieniła nazwę na Schönbrunn, a sam władca znacznie rozbudował istniejący tu dwór myśliwski.
Pierwszą która przekształciła w latach 1638-1643 dwór myśliwski w rezydencję mieszkalną tzw, Gonzaga Castle była Eleonora Gonzaga, wdowa po Ferdynandzie II. Powstała tu wówczas oranżeria oraz zaczątki parku. W 1642 po raz pierwszy użyto też nazwy Schönbrunn w dokumentach urzędowych. Po śmierci Eleonory, w 1655 jako rezydencja wdowy stał się własnością Eleonory Magdaleny Gonzagi, trzeciej żony Ferdynanda III. W tym czasie podczas oblężenia tureckiego w 1683 roku cały kompleks - zamek wraz z zabudowaniami gospodarczymi i ogrodami - został kompletnie zniszczony, tak że nie nadawał się do zamieszkania.
Pierwsze plany budowy w Schönbrunnie zespołu pałacowego który miał przewyższyć francuski Pałac Wersalski pojawiły się za panowania Leopolda I. W 1687 zlecił on Johannowi Bernhardowi Fischerowi sporządzenie odpowiednich planów, Pierwszy z nich powstał już w 1688 ale jako za drogi został przez monarchę odrzucony. Fischer zaproponował więc znacznie skromniejszy w 1693 i ten został przyjęty do realizacji. W latach 1696–1701 na ruinach poprzedniego założenia zbudowano zasadniczy zrąb dzisiejszego kompleksu pałacowego. Budowę kontynuował z modyfikacjami następca Leopolda Józef I.